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微生物實驗室一般由準備室、滅菌室、無菌室、恒溫培養室和普通實驗室五部分組成。
準備室
準備室用于配制培養基和樣品處理等。室內設有試劑柜、存放器具或材料的專柜、實驗臺、電爐、冰箱和上下水道、電源等。
準備室還要用于洗刷器皿等。室內應備有加熱器、蒸鍋，洗刷器皿用的盆、桶等，還應有各種瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
滅菌室
滅菌室主要用于培養基的滅菌和各種器具的滅菌，室內應備有高壓蒸汽滅菌器、烘箱等滅菌設備及設施。
無菌室
無菌室也稱接種室，是系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。
無菌室的設置
無菌室應根據既經濟又科學的原則來設置。其基本要求有以下幾點：
（1）無菌室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩沖室。房間容積不宜過大，以便于空氣滅菌。小內間面積2×2.5＝5m2，外間面積1×2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應有天花板。
（2）內間應當設拉門，以減少空氣的波動，門應設在離工作臺遠的位置上；外間的門好也用拉門，要設在距內間遠的位置上。
（3）在分隔內間與外間的墻壁或“隔扇”上，應開一個小窗，作接種過程中必要的內外傳遞物品的通道，以減少人員進出內間的次數，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內外都掛對拉的窗扇。
（4）無菌室容積小而嚴密，使用一段時間后，室內溫度很高，故應設置通氣窗。通氣窗應設在內室進門處的頂棚上（即離工作臺遠的位置），好為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內室使用后、滅菌前開啟，以流通空氣。有條件可安裝恒溫恒濕機。
恒溫培養室
1. 培養室的設置
（1）培養室應有內、外兩間，內室是培養室，外室是緩沖室。房間容積不宜大，以利于空氣滅菌，內室面積在3.2×4.4＝14m2左右，外室面積在3.2×1.8＝6m2左右，高以2.5m左右為宜，都應有天花板。
（2）分隔內室與外室的墻壁上部應設帶空氣過濾裝置的通風口。
（3）為滿足微生物對溫度的需要，需安裝恒溫恒濕機。
（4）內外室都應在室中央安裝紫外線燈，以供滅菌用。
微生物潔凈實驗室的標準參考：
1)GB 50073-2013《潔凈廠房設計規范》
2)GB/T25915.1-2010《潔凈室及相關受控環境第1部分：空氣潔凈度等級》
3)GB 50687-2011《食品工業潔凈用房建筑技術規范》
4)GB 50472-2008《電子工業潔凈廠房設計規范》
5)GB 50457-2008《醫藥工業潔凈廠房設計規范》
6)YY 0033-2000《無菌醫療器具生產管理規范》
7)《藥品生產質量管理規范（2010年修訂）》附錄1
8)《醫療器械生產質量管理規范無菌醫療器械實施細則和檢查評定標準（試行）》

微生物實驗室設計裝修五要素：
1.樣品的轉移和人員流動：實驗室區域的分配，首先要考慮工作流程。樣品的轉移和流通。生物安全因素等。
2.靈活性：實驗室設計能否適應未來發展變化的需要是極其重要的。
3.安全性：實驗室的設計和尺寸應考慮安全性，滿足緊急清除和出口疏散的建筑規則，并根據每個實驗室的情況配備安全設備。應急洗眼場所和淋浴間應在距離危險化學試劑30米范圍內設置。所有實驗室和直接接觸污染物的地方都應安裝洗臉盆，并在出口設置洗臉盆。洗臉盆應獨立使用，不得與污染物處理和實驗混合使用。
4.設置煙霧罩和安全設施：任何安全罩應盡量遠離出口，以符合遠離主通道的有害實驗的原則。設計和裝飾實驗室要求材料防潮。耐腐蝕性。不要失去顏色；需要充分考慮實驗室的墻壁。天花板和地面應光滑。易于清潔。沒有滲水。耐化學品和消毒劑腐蝕；門窗密封，推拉門，所有實驗室無閾值；地面建議使用水磨石或防滑地磚；
5.試驗臺應防水、耐腐蝕、耐熱。實驗室邊緣平臺墻和教師平臺配備兩組多功能插座，實驗臺采用儲物柜式，臺面設計藥架，臺面設計應考慮實驗操作方便，如臺面略凹可容納坐實驗者的腿，實驗臺每1米（或每組）設置兩組多功能插座等。實驗室家具應牢固，易于清潔，各種家具和設備應保持一定的間隙，應有專門的生物廢物容器平臺（框架）。
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