PCR擴增檢測實驗室正常情況下分成四個獨立的工作中區域：試劑存儲和提前準備區、標本采集制取區、擴增反映化合物配置和擴增區、擴增物質剖析區。為防止交叉式污染，進到每個工作中區域務必嚴苛遵照單一方位開展，即只有從試劑存儲和提前準備區→標本采集制取區→擴增反映化合物配置和擴增區→擴增物質剖析區。
實驗室中央空調排風系統設計方案及工作壓力操縱
PCR實驗室并沒有嚴苛的凈化處理規定，可是為防止每個實驗區域間交叉式污染的概率，宜選用全送全排的自然通風方式。與此同時，要嚴控送、排風系統的占比以確保各實驗區的工作壓力規定。

該實驗區關鍵開展的實際操作為存儲試劑的制取、試劑的散裝和主反映溶液的制取。試劑和用以試品制做的原材料應立即運輸至該區域，不可歷經別的區域。試劑原料務必存儲在本區內，并在本區內制取成所需的存儲試劑。
對與氣旋工作壓力的操縱，本區并沒有嚴苛的規定。　

該區域關鍵開展的實際操作為樣版的儲存、核苷酸(RNA、DNA)獲取、存儲以及添加至擴增反映管和測量DNA的生成。
本區的滲透壓力規定為：相對性于相鄰區域為正壓力，以防止從相鄰區進到本區的大氣氣溶膠污染。此外，因為在加樣實際操作中很有可能會產生大氣氣溶膠而致的污染，因此應防止在本區內多余的行走。

該區域關鍵開展的實際操作為DNA擴增。除此之外，已制取的DNA模版 (來源于樣版制取區)的添加和主反映溶液(來源于試劑存儲和制取區)制取成反映溶液等也可在本區內開展。
本區的滲透壓力規定為：相對性于相鄰區域為負壓力，以防止大氣氣溶膠從本區露出。為防止大氣氣溶膠而致的污染，應盡量避免在本區內的多余的行走。某些實際操作如加樣等應在超凈工作臺內開展。

該區域關鍵開展的實際操作為擴增精彩片段的測量。
本區是最關鍵的擴增物質污染來源于，因而對本區的滲透壓力的規定為：相對性于相鄰區域為負壓力，以防止擴增物質從本區蔓延至其他區域。

污染的防止與操縱
PCR實驗室設計方案的關鍵難題是怎樣防止污染。在具體工作上，普遍的有下列幾類污染種類：擴增物質的污染；純天然基因DNA的污染；試劑的污染及其標本采集間的污染。因為一旦產生污染，實驗就務必終止，直至尋找污染源截止，并且實驗結果務必廢止，需再次開展實驗。因此產生污染后再緊緊圍繞實驗室來找尋污染源不僅用時并且繁雜，消耗財力物力。因而要防止污染，最先該是防止，而不是清除。