設計根據實驗場所提供的場地空間，設計微生物實驗區，以建筑面積為200平方米為例。應設有一個主實驗室,一個一更緩沖間，一個二更緩沖間，一個洗刷消毒間。
設計充分利用現有的空間，根據國家相關規范和實驗場所的特殊要求進行平面布置。考慮生物安全實驗室應同時實施一級屏障和二級屏障的要求，其中一級屏障主要體現在微生物實驗區的平面布置和維護結構方面，二級屏障主要體現在空調凈化系統方面。在平面布置方面把人流和物流分隔開，防止人和物的交叉感染：實驗操作人員通過一更緩沖間和二更緩沖間進入P2主實驗室;實驗物體通過兩個互鎖式傳遞窗進出主實驗室，其中一個互鎖式傳遞窗設在主實驗室和準備間之間，另外一個設在主實驗室和洗刷消毒室之間，保證了潔凈物不受感染，同時保證了污染物盡快傳進洗刷消毒室進行消毒滅菌。
微生物實驗室的整個平面布局完全能夠滿足國家規范及標準和實驗場所最終要求，而且充分利用了實驗場所劃分的建筑空間，按照實驗室操作程序的要求配備了各種功能的房間，操作路線方便快捷，每間實驗室的平面尺寸都是按照各種實驗功能分配的。

分析領域的化學分析主要基于物質對光的物理吸收和散射特性以及發射光的物理特性。主要儀器有原子發射光譜儀、原子吸收光譜儀、分光光度計、原子熒光光譜儀、熒光分光光度計、X射線熒光儀、紅外光譜儀、電感耦合等離子體（LCP）光譜儀、拉曼光譜儀等。實驗室應盡量遠離化學實驗室，防止酸、堿、腐蝕性氣體對儀器造成損壞，遠離輻射源；室內應采取防塵、防震、防潮等措施。儀器平臺與窗戶和墻壁之間應有一定的距離，以便于儀器的調試和維護。應設計局部排氣。使用原子吸收罩排氣更合適。
樣品處理室可根據上述實驗室的實際需要設置，一般有洗滌臺、試驗臺、通風柜等設備，與化學實驗室相似。
潔凈實驗室主要通過人工手段控制室內空氣中的粉塵、細菌濃度、溫度、濕度和壓力，以達到所需的清潔度、溫度、濕度和氣流速度?？諝馇鍧嵍仁侵盖鍧嵖諝猸h境中的空氣粉塵含量，空氣清潔度的水平按粉塵濃度劃分。清潔度是指每升空氣中的粒徑≥0、5um我國空氣潔凈等級標準分為100級、1000級、10000級和10000級。國際標準分為1級、2級、3級、4級和5級。

在處理細菌時，由于污染嚴重，微生物實驗室設置了單個更衣室和緩沖室，而無菌檢查、微生物極限檢查和抗生素微生物檢定實驗室（公共更衣室和緩沖室）沒有嚴格分開。GMP檢驗中的2802項明確規定，生物檢定、微生物極限檢定和放射性同位素檢定應在不同的房間進行。解釋中提到無菌室和微生物極限室不允許使用公共更衣室和緩沖室，以防止無菌室污染。公共更衣室和緩沖室必然會污染無菌室。微生物極限室的樣品含有細菌。污染無菌室后，產品可能出現假陽性結果。抗生素具有抗菌性能。污染無菌室后，產品可能出現假陰性結果。這樣，無法保證無菌檢測結果的真實性，無法調查超標結果，無菌檢測將失去意義、
由于回風系統設置不合理，壓差無法調整。不同的實驗室共用一個夾墻，這將導致實驗室之間的交叉污染。對于所需的無菌環境（如無菌檢查室和微生物限制檢查室），應保持相對正壓，以防止細菌區域的空氣污染。污染源（如陽性控制室、抗生素微生物檢定室）應保持相對負壓，防止污染物的擴散影響實驗結果和人員安全。